В средние века медицина в Западной Европе почти не получила дальнейшего научного развития. Христианская церковь, провозгласившая примат веры над знанием, канонизировала учение Галена, превратив его в непререкаемую догму.

В результате многие наивные и умозрительные представления Галена (Гален считал, что кровь образуется в печени, разносится по телу и там целиком поглощается, что сердце служит для образования в нем "жизненной пневмы”, поддерживающей теплоту тела; объяснял совершающиеся в организме процессы действием особых нематериальных "сил”: силы пульсации, благодаря которой пульсируют артерии, и др.) превратились в анатомо-физиологическую основу медицины. В атмосфере средневековья, когда молитвы и святые мощи считались более эффективными средствами лечения, чем лекарства, когда вскрытие трупа и изучение его анатомии признавались смертным грехом, а покушение на авторитеты рассматривалось как ересь, метод Галена, пытливого исследователя и экспериментатора, был забыт; осталась только придуманная им "система” как окончательная "научная” основа медицины, а "ученые” врачи-схоласты изучали, цитировали и комментировали Галена.

Накопление практических медицинских наблюдений, конечно, продолжалось и в средние века. В ответ на запросы времени возникали спец. учреждения для лечения больных и раненых, проводились выявление и изоляция заразных больных. Крестовые походы, сопровождавшиеся миграцией огромных людских масс, способствовали опустошительным эпидемиям и обусловили в Европе появление карантинов; открывались монастырские больницы и лазареты. Еще ранее (7 в.) в Византийской империи возникли крупные больницы для гражданского населения.

В 9—11 вв. центр научной медицины мысли переместился в страны арабского Халифата. Византийской и арабской медицине мы обязаны сохранением ценного наследия медицины Древнего Мира, которое они обогатили описанием новых симптомов, болезней, лекарственных средств. Большую роль в развитии медицины сыграл уроженец Средней Азии, разносторонний ученый и мыслитель Ибн-Сина (Авиценна, 980—1037): его "Канон врачебной науки” был энциклопедическим сводом медицинских знаний.

В древнерусском феодальном государстве наряду с монастырской медициной продолжала развиваться народная медицина. Распространенные лечебники содержали ряд рациональных наставлений по лечению болезней и бытовой гигиене, травники (зельники) описывали лекарственные растения.